Futbola Brezilya'nın Atletico Mineiro kulübünün altyapısında başlayan Lincoln, disiplini ve olağanüstü tekniğiyle kısa sürede A Takım’a yükselmeyi başardı. 18 yaşında profesyonel oldu. Beş yıl forma giydikten sonra, her Brezilyalı futbolcunun kolay kolay tutunamayağı Avrupa’ya, özellikle de Avrupa’nın en disiplinli liglerinden Bundesliga’ya yelken açtı. 2001-2004 arası Kaiserslautern’de top koşturdu, 53 maçta 12 gol attı. İki ayağına da son derece hakim oluşunun yanı sıra sert ve isabetli frikikleriyle adından söz ettiren Brezilyalı yıldızın bir sonraki durağı Schalke 04 oldu. 2004-2005’te Almanya Lig Kupası’nı kazandı. Aynı zamanda 28 maçta 12 golle Schalke’nin lig ikinciliğine katkı sağladı, Bundesliga’da yılın futbolcusu seçildi. Schalke’de üç sezonda toplam 83 maça çıktı, 20 gol attı. Almanya’nın en iyi oyun kurucularından biri olarak gösterildi. Ve 2007-2008 sezonu öncesi kendisini Galatasaraylı yapan imzayı atarak Türkiye’ye geldi.